Ngoài giải Nobel Vật lý, Niels Bohr còn được các phần thưởng sau:

• Huy chương Hughes năm 1921 của Hội hoàng gia Luân Đôn
• Huy chương Matteucci năm 1923
• Huy chương H. C. Ørsted năm 1924
• Huy chương Franklin năm 1926 của Viện Benjamin Franklin (Hoa Kỳ)
• Huy chương Faraday lectureship năm 1930 của Hội hoàng gia Luân Đôn
• Huy chương Copley năm 1938 của Hội hoàng gia Luân Đôn
• Giải Nguyên tử vì Hòa bình năm 1957 của Viện Ford (Hoa Kỳ)
• Giải Sonning (1966)

Niels Bohr cũng là một trong 4 người không thuộc hoàng gia Đan Mạch được tặng thưởng Huân chương hiệp sĩ Con Voi (huân chương cao quý nhất của Đan Mạch) và cũng là một trong số rất hiếm người Đan Mạch được in hình trên tiền tệ (đồng 500 kr. Đan Mạch) và trên tem thư Đan Mạch.

Nguyên tố Bohri (số nguyên tử 107) cũng được gọi theo tên Bohr. Một đại lượng vật lý Bohr magneton và tiểu hành tinh 3948 Bohr cũng được đặt theo tên của ông.

Niels Bohr được an táng tại nghĩa trang Assistans ở Copenhagen.